El Cardenal Juan Luis Cipriani dijo no tener ya nada que decir respecto a la decisión tomada por la Santa Sede. En declaraciones para el programa 'Diálogo de Fe" en RPP Noticias, dijo que él ya no tiene nada que  hablar  pues "es algo que ha determinado la Santa Sede y los dirigentes deben aceptar la decisión y reflexionar acerca de qué es lo que se hizo mal".

Asimismo, señaló que las advertencias del Vaticano se han dado constantemente a lo largo de un prolongado período de tiempo y que ha sido negligencia de las autoridades universitarias no haber sabido llegar a un punto de negociación. Cipriani recalcó que el asunto pasó a tratarse directamente entre la Secretaría del Vaticano y las autoridades de la institución académica.  "A mí la Santa Sede me explicó en el año 1999 que había que modificar los estatutos, pero yo les expliqué que eso no me competía. Y si nadie hizo nada ni se llegó a un acuerdo, pues no hay vuelta atrás(...) Yo no soy defensor de este decreto, ni responsable de esta decisión"

El Cardenal también se manifestó respecto a los constantes ataques que recibe la Iglesia Católica. Los calificó de "falsos y sucios", en su mayoría, de  personas que creen que la iglesia no puede darles lo que ellos mismos califican como "enseñanza de excelencia". "Pero la excelencia es perfectamente compatible con la enseñanza y el respaldo de una gran institución como es la Santa Sede. Han buscado la autonomía, pues ahí la tienen. Lo que no saben es que al retirarle los títulos de Pontificia y Católica, (...) el  Vaticano  no renuncia al derecho legal de tener una Universidad Católica", sentenció.